Devido ao risco de desnutrição em crianças pequenas, a terapia dietética de exclusão de alguns alimentos, como o leite, ovos e trigo não deve ser realizada rotineiramente e, quando indicada, deve ser guiada por teste de sensibilização (IgE específica) 

O uso de corticosteroides tópicos deglutidos é considerado dentro da primeira linha de fármacos a ser instituída diante da confirmação do diagnóstico e que pode ser mantido após a remissão do quadro clínico.

Inibidores de bomba de prótons não devem ser usados pois não têm a capacidade de remissão do quadro clínico da esofagite eosinofílica.

Inibidores de bomba de prótons serão sempre o tratamento inicial da esofagite eosinofílica, particularmente quando se consideram os efeitos adversos da corticoterapia, que sempre será prolongada.

O tempo de terapêutica mínimo para indução do tratamento da esofagite eosinofílica deve ser de 2 a 4 semanas.