Esses territórios são uma divisão do território nacional, tendo em vista o desenvolvimento de políticas educacionais sob responsabilidade exclusiva da Fundação Nacional do Índio (Funai). 

Cada um dos territórios etnoeducacionais pactuados abrange uma unidade da Federação, de modo que, em um estado como o Amazonas, tem-se até no máximo um território etnoeducacional.  

Entre os objetivos dos territórios etnoeducacionais, estão a garantia da participação dos povos indígenas nos processos de construção e de implementação da política de educação escolar indígena, observando e respeitando a própria territorialidade, as necessidades e as especificidades. 

Eles têm o objetivo de fazer um retorno completo, consistente e sistemático aos saberes e às pedagogias tradicionais, estando isentos de respeitarem a Lei de Diretrizes e Bases da Educação (LDB). 

Os territórios etnoeducacionais visam à melhoria das condições de ensino e aprendizagem nas escolas indígenas, implementando o ensino tecnológico e a preparação profissional para que os povos indígenas possam ser absorvidos pela economia nacional.