Integrada por representantes dos estados, municípios, do Distrito Federal e da União, a comissão é um foro de articulação e pactuação na esfera federal. Na comissão, são definidas diretrizes, estratégias, programas, projetos e alocação de recursos do SUS. As decisões são tomadas por consenso.

Nesse espaço, representantes do governo estadual e dos municípios articulam-se e realizam as suas pactuações. Ela é responsável por organizar a atenção à saúde no estado, além de definir estratégias, programas, projetos e alocação de recursos do SUS, no âmbito estadual. Vale observar que, antes de levar um tema para ser discutido nesta esfera, o assunto deve ter sido debatido entre os municípios em outras de suas instâncias representativas. As decisões somente são encaminhadas se envolverem questões contrárias aos pactos e politicas do SUS ou aquelas que envolvem a União. Constituído por usuários, trabalhadores de saúde e representantes do governo e prestadores de serviço, tem a função deliberativa, consultiva e fiscalizadora das ações e serviços de saúde do município.

Composto por secretários de saúde dos estados, representa os gestores estaduais junto à ClT, para o qual pode formular e propor politicas. O conselho também serve aos secretários estaduais como um fórum de debate, intercâmbio, trocas de experiências e a discussão para a implementação das políticas e diretrizes constitucionais.

Pode ser criado por lei municipal. O conselho fica vinculado ao SUS e tem a finalidade de planejar, acompanhar, fiscalizar, avaliar a execução de politicas públicas, serviços e ações de saúde em cada unidade de saúde.