A rejeição pode ocorrer imediatamente após o transplante e é primariamente mediada principalmente pelas células T e por anticorpos pré-formados. 

A rejeição aguda é um processo mediado frequentemente por uma resposta adquirida de anticorpos e geralmente ocorre nas primeiras semanas a meses após o transplante.

A rejeição crônica é uma causa comum de perda do enxerto a longo prazo e é decorrente de um processo fibrótico indolente que ocorre ao longo de meses a anos, secundária à lesão imunológica crônica de processos mediados por células T e B.

O momento mais crítico para a proteção imunológica são os primeiros dias. O enxerto é fresco e há um estado elevado de inflamação secundário à inevitável lesão do enxerto por isquemia-reperfusão. Por tal motivo, a imunossupressão deve ser progressivamente maior conforme o tempo decorrido do transplante.