O licenciamento ambiental dos empreendimentos planejados em áreas de fronteira entre o Brasil e a Argentina é uma atribuição do órgão licenciador federal.

Por se tratar de um rio localizado na divisa entre dois estados (Rio Grande do Sul e Santa Catarina), e, mais à jusante, na divisa entre dois países (Brasil e Argentina), todos os empreendimentos hidrelétricos da bacia do Rio Pelotas-Uruguai deverão ser licenciados pelo órgão licenciador federal.

Os órgãos licenciadores estaduais do Rio Grande do Sul e de Santa Catarina podem ser responsáveis pelo processo de licenciamento de empreendimentos hidrelétricos previstos para os afluentes do rio Uruguai. 

Quando o processo de licenciamento desses empreendimentos envolver a convocação de audiências públicas, estas terão caráter consultivo.

O órgão licenciador federal é o responsável pelo processo de licenciamento de empreendimentos hidrelétricos localizados na divisa entre Rio Grande do Sul e Santa Catarina.