O uso de bactéria do solo (Bacillus thurigiensis) é eficiente para o controle de doenças radiculares e foliares em plantas, mas não para o controle de pragas como a lagarta elasmo, lagarta-da-espiga, lagarta-do-colmo e lagarta-do-cartucho. 

O cancro cítrico que ataca plantas cítricas pode ser facilmente controlado com o uso de Tricoderma, dispensando-se outras medidas de controle, como a erradicação de plantas.

O manejo integrado de doenças abrange o uso de variedades tolerantes ou resistentes, o controle biológico, a rotação de cultura, a consorciação de espécies, o zoneamento agroclimático e o uso de defensivos agrícolas. 

O controle químico do tripes (Frankniella schultzei) com inseticidas específicos tem sido eficiente no manejo de geminivírus em lavouras de tomate.