Pode-se coletar material de pacientes até no máximo 5 horas após o inicio da antibioticoterapia.

Caso a suspeita de infecção seja na orofaringe, pode-se coletar material de regiões próximas como a fossa nasal, pois a mesma estará contaminada pelo agente infeccioso presente na garganta.

Pacientes com diarreia devem aguardar o endurecimento das fezes para realizar a coleta de material, pois há muita perda de bactérias patogênicas nessa situação.

Materiais recebidos em soluções de formalina são inadequados para análise microbiológica.