A doença de Crohn é uma doença inflamatória que acomete preferencialmente o duodeno e o esôfago, mas pode comprometer todo o trato gastrointestinal (da boca ao ânus). Enquanto a retocolite ulcerativa acomete apenas o cólon sigmoide. 

A doença de Crohn e a colite ulcerativa podem ocorrer em qualquer idade, mas ambas têm seu pico de incidência na segunda à quarta décadas de vida, com um segundo pico na sétima década. A razão mulheres:homens tanto para a colite ulcerativa quanto para a doença de Crohn não sugere preferência por sexo. 

Como resultado da desregulação do sistema imune, os pacientes com doença de Crohn desenvolvem úlceras aftosas, que são lesões superficiais nas mucosas. À medida que a doença progride, a ulceração torna-se mais profunda, transmural e bem-definida; pode formar um padrão serpiginoso e ocorrer em qualquer lugar desde a boca até o ânus em um padrão descontínuo. O local mais comum de ulceração é a duodeno-jejunal.

Na colite ulcerativa leve, a mucosa é granular, hiperemiada e de aspecto edematoso. À medida que a doença se agrava, surgem úlceras na mucosa que podem se estender até a subserosa. A colite ulcerativa começa no reto e pode se estender proximalmente em um padrão contínuo, mas acomete apenas o cólon.