A administração do Instituto Federal é do Reitor.

A Reitoria do Instituto Federal deve ser instalada em local distinto dos seus campi, na capital do estado.

Poderá se candidatar ao cargo de Reitor do Instituto Federal qualquer um dos servidores estáveis da autarquia que tenha pelo menos cinco anos de efetivo exercício e que possua o título de doutor.

O Instituto Federal é organizado multicampi, sendo que, no que diz respeito a pessoal, encargos sociais e benefícios dos servidores, a proposta orçamentária anual não é identificada por campus.

O Colégio de Dirigentes e o Conselho Superior são órgãos consultivos do Reitor.