A Triagem Neonatal positiva, caracterizada por dois valores elevados de imunorreatividade pancreática, coletados até o 30º dia de vida, é considerada diagnóstica para FC, dispensando a realização de testes confirmatórios adicionais em pacientes assintomáticos.

O teste do suor é considerado duvidoso ou intermediário quando os níveis de cloro se situam entre 10 e 29 mmol/L, sendo obrigatória a realização imediata de sequenciamento genético completo para excluir o estado de portador sadio.

O diagnóstico é confirmado pela presença de manifestações clínicas características (ou triagem neonatal positiva) associada a duas dosagens de cloro no suor maiores ou iguais a 60 mmol/L ou pela identificação de duas mutações patogênicas no gene Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (CFTR).

Na impossibilidade de realização do teste do suor, o diagnóstico pode ser firmado exclusivamente pela presença de insuficiência pancreática exócrina e bronquiectasias na tomografia computadorizada de tórax, independentemente da análise genética.

Em recém-nascidos, que apresentam íleo meconial ao nascimento, o diagnóstico de FC é considerado definitivo, devendo-se iniciar a reposição de enzimas pancreáticas e fisioterapia respiratória sem a necessidade de triagem bioquímica ou testes de DNA.