A vulnerabilidade à contaminação em áreas de ocorrência de rochas carbonáticas depende da espessura da cobertura de material inconsolidado em que, principalmente em áreas agrícolas, os contaminantes químicos podem ficar armazenados e serem liberados lentamente para o aquífero.

A origem da água subterrânea armazenada em aquíferos cársticos está condicionada à infiltração de águas de rios e de chuva através de sumidouros e dolinas.

Em aquíferos cársticos, considera-se como água subterrânea a água contida nos poros da rocha abaixo da superfície.

O fluxo da água subterrânea em aquíferos cársticos pode passar de regime laminar a turbulento, causando a surgência da água na superfície através de nascentes naturais.

A heterogeneidade e anisotropia dos aquíferos cársticos dependem das propriedades hidráulicas do substrato rochoso, sendo mais desenvolvidas ao longo das descontinuidades do meio rochoso.