A genotipagem está indicada em casos de falha virológica confirmada em dois exames consecutivos de CV-HIV, com intervalo de quatro semanas entre eles

Para realizar genotipagem recomenda-se caracterizar a falha terapêutica após uso regular de antirretrovirais por pelo menos um ano 

Para garantir eficácia da genotipagem, é requerida uma carga viral superior a 500 cópias/ml

Uma das grandes vantagens da genotipagem é prevenir trocas desnecessárias de antirretrovirais

A realização de genotipagem para gestantes deve ser considerada uma prioridade dentro da rede de assistência. Contudo, ressalta-se que o início da terapia anti-retroviral não deve ser retardado até a obtenção do resultado desse exame