A segregação consiste na separação do resíduo no momento e local de sua geração, de acordo com as características físicas, químicas, biológicas, a sua espécie, o seu estado físico e sua classificação.

Os resíduos dos medicamentos antibacterianos de uso sistêmico, quando vencidos, contaminados, apreendidos para descarte, parcialmente utilizados e demais medicamentos impróprios para consumo, podem ser descartados como resíduos comuns.

Os sacos para acondicionamento de RSS do grupo A devem ser substituídos ao atingirem o limite de 2/3 (dois terços) de sua capacidade ou então a cada 72 (setenta e duas) horas, independentemente do volume, visando o conforto ambiental e a segurança dos usuários e profissionais. 

Todos os cadáveres animais oriundos de clínicas e hospitais veterinários enquadram-se no grupo D, não necessitando de processos diferenciados relacionados ao acondicionamento, identificação e tratamento, sendo considerados resíduos sólidos urbanos - RSU.