Tema da questão: pontuação — uso de vírgulas em expressões intercaladas, adjuntos adverbiais deslocados e conectores discursivos.

Estratégia para resolver: procure “quebras” dentro da frase (expressões como de fato, por exemplo, contudo, assim) e verifique a simetria dos sinais: se a expressão está intercalada, deve ficar entre duas vírgulas; se está no início, costuma vir com uma vírgula após. Evite “sobrar” ou “faltar” vírgula.

Alternativa correta: A

Justificativa: Em “Essa descoberta foi, de fato fenomenal”, a locução adverbial de fato aparece intercalada no enunciado e, pela norma, deve ser isolada por duas vírgulas: “Essa descoberta foi, de fato, fenomenal.” Falta a vírgula de fechamento após “fato”.

Regra aplicada: expressões adverbiais intercaladas — bem como expressões de realce e comentários metadiscursivos — são isoladas por vírgulas (cf. Bechara, Moderna Gramática Portuguesa, e Cunha & Cintra, Nova Gramática do Português Contemporâneo). Ex.: “O resultado foi, por sorte, positivo.” / “O projeto, afinal, saiu do papel.”

Análise das demais alternativas

B) “Assim, explica que o produto de lignina...” — Correto. O conector/advérbio inicial Assim é seguido de vírgula, sinalizando uma relação conclusiva/explicativa. Não há vírgula separando o verbo de seu complemento introduzido por “que” (o que seria erro). Pontuação adequada.

C) “Dentre os elementos mais comuns, há o grafite e óxido de grafite...” — Correto quanto à pontuação. O adjunto adverbial anteposto (“Dentre os elementos mais comuns”) pode ser separado por vírgula, sobretudo para dar ênfase ou por deslocamento. Observação: há um possível problema de concordância em “oriundo”, que deveria concordar com o núcleo composto (“oriundos”), mas a questão cobra apenas pontuação.

D) “Um rejeito da indústria, de fato, um lixo que não custa praticamente nada.” — Correto. Trata-se de frase nominal com a locução adverbial de fato intercalada e devidamente isolada por duas vírgulas, conferindo valor enfático/asseverativo. Pontuação adequada ao estilo jornalístico.

Dica de prova: sempre que encontrar expressões como de fato, por exemplo, aliás, portanto, contudo no meio da frase, confira se estão entre duas vírgulas. No início da frase, use uma vírgula após o conector: “Portanto, ...”, “Assim, ...”.

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Análise da Alternativa ATrecho: “Essa descoberta foi, de fato fenomenal”.Erro de pontuação:

Na frase, a expressão “de fato” funciona como um inciso ou aposto explicativo, que deve ser isolado por vírgulas. No entanto, há um erro: falta uma vírgula após “fato” para fechar o inciso. A forma correta seria:“Essa descoberta foi, de fato, fenomenal.”Sem a segunda vírgula, a pontuação está incompleta, o que caracteriza um erro no emprego da pontuação. Esse é um erro sutil, mas suficiente para tornar a alternativa A incorreta em termos de norma culta.Comparação com as Outras AlternativasPara confirmar que a alternativa A é a correta, vou reavaliar as demais opções e verificar se elas apresentam erros de pontuação mais graves ou se estão corretas:Alternativa B: “Assim, explica que o produto de lignina tem a capacidade de aumentar a produtividade agrícola e reduzir a dependência de fertilizantes químicos”.Análise: A vírgula após “Assim” está correta, pois “Assim” é um advérbio que introduz a oração, e a vírgula é comum nesse contexto para marcar a transição. Não há erro evidente de pontuação.Conclusão: Não apresenta erro.Alternativa C: “Dentre os elementos mais comuns, há o grafite e óxido de grafite oriundo das fogueiras e outras coisas da floresta”.Análise: A vírgula após “comuns” está correta, pois separa uma oração adverbial inicial. A frase está bem pontuada, embora a falta de uma vírgula antes de “e óxido” (em “grafite e óxido de grafite”) possa ser considerada uma questão de estilo, não um erro.Conclusão: Não apresenta erro claro.Alternativa D: “Um rejeito da indústria, de fato, um lixo que não custa praticamente nada”.Análise: A expressão “de fato” está corretamente entre vírgulas, pois é um inciso. No entanto, a vírgula após “indústria” pode ser questionada. A parte “um lixo que não custa praticamente nada” é um aposto explicativo que poderia ser separada por dois-pontos, travessão ou até sem vírgula, dependendo do estilo. A vírgula, nesse caso, cria uma fragmentação que pode ser considerada inadequada, mas não é um erro tão evidente quanto a falta de vírgula em A.Conclusão: Pode haver uma discussão sobre a vírgula, mas o erro é menos claro que na alternativa A.

"de fato" deveria estar isolado por vírgulas.

só tentar comparar com a letra D.

Espero ter ajudado..

“Essa descoberta foi, de fato, fenomenal”. 

Nas expressões enfáticas, explicativas, retificativas ou conclusivas coloca-se virgulas antes e depois do termo ou não coloca nenhuma.