A infecção por HIV e hepatite crônica por vírus B e C são contraindicações para o transplante pulmonar.

O transplante lobar está indicado quando o órgão doado é menor que o órgão do receptor.

O transplante cardiopulmonar está indicado aos pacientes com cor pulmonale e aqueles com hipertensão pulmonar com hipertrofia ventricular direita.

Nos casos de transplante pulmonar unilateral no paciente enfisematoso, com comprometimento funcional semelhante nos dois pulmões, implanta-se preferencialmente o lado esquerdo, a fim de evitar as complicações causadas pela hiperinsuflação do pulmão nativo.

As doenças supurativas como fibrose cística e bronquiectasia são indicações formais de transplante pulmonar unilateral.