O financiamento do Componente Básico na PNAISP é de responsabilidade comum dos três entes federativos, cabendo à União o aporte complementar em caso de déficit orçamentário municipal.

A gerência administrativa direta das farmácias e a dispensação dos medicamentos competem às Secretarias de Segurança Pública e de Administração Penitenciária.

Verificada a sobra de recursos após a execução integral do objeto pactuado, o ente federativo poderá efetuar o remanejamento dessas verbas nos termos da regulamentação vigente.

A seleção dos medicamentos destinados às pessoas privadas de liberdade poderá considerar as necessidades epidemiológicas da população custodiada, admitindo-se a adoção de elenco específico que substitua as relações oficiais de medicamentos do SUS. 

Os recursos federais são fixados em valor per capita anual de R$ 17,73 por pessoa presa e transferidos mensalmente pelo Fundo Nacional de Saúde aos municípios.