A diversidade genética implica, entre outras vantagens, um alto potencial de plasticidade fenotípica para as espécies, em que a resposta plástica tende a mudar entre populações. Ao mesmo tempo, sistemas agroflorestais precisam ser sustentáveis ao longo do tempo, preferencialmente por estarem mais integrados ao sistema de vegetação nativa. Para montar um sistema agroflorestal de maneira eficaz, é preciso considerar a plasticidade fenotípica porque: