A rumenotomia pode ser indicada, para diagnóstico e tratamento de acidose rumenal, reticulite, reticuloperitonite traumática, sobrecarga, compactação, atonia do omaso ou do abomaso, remoção de corpos estranhos como fios metálicos e sacos plásticos. O acesso ao rúmen permite acesso, também, ao retículo, omaso e abomaso. 

Timpanismo gasoso é causado pelo acúmulo de gases que resulta em uma distensão acentuada do rúmen e retículo. Pode ser tratada por meio de sondagem orogástrica ou trocaterização rumenal, não sendo indicada a rumenotomia, por se tratar de um procedimento cirúrgico invasivo e contaminado, com efeitos temporários e de curto prazo.¬

O timpanismo espumoso é causado pelo aumento na viscosidade do líquido ruminal, com a presença de bolhas gasosas, dando ao conteúdo ruminal um aspecto espumoso e promovendo uma importante dilatação do rúmen. Pode ser tratada por meio de sondagem orogástrica ou trocaterização rumenal, para eliminação imediata dos gases ou por rumenotomia, por meio da implantação de cânula ruminal.

A retículo pericardite traumática bovina é uma doença causada pela perfuração do retículo e do pericárdio por corpos estranhos, como arames e pregos, ingeridos durante pastejo. Os sinais clínicos são perda de peso, queda de produção de leite e dor abdominal, sendo o tratamento realizado por ruminotomia e terapia sistêmica, com estabilização do paciente e antibioticoterapia.

O deslocamento de abomaso pode ser à direita ou à esquerda. O gás produzido pela fermentação microbiana distende o abomaso e provoca o deslocamento. Ocorre, normalmente, no período pós-parto e apresenta redução do apetite e queda na produção de leite como sinais clínicos. O reposicionamento do abomaso por meio da ruminotomia é o tratamento cirúrgico de eleição, tendo prognóstico favorável.