A eliminação de documentos não faz parte das rotinas de recebimento e tramitação. A eliminação ocorre no âmbito da Gestão de Documentos (especificamente na fase de avaliação/destinação final) e exige o cumprimento de prazos da Tabela de Temporalidade, além da elaboração do Termo e do Edital de Eliminação. O setor de protocolo apenas recebe, registra, autua, distribui e tramita os documentos.