Criado em 22 de novembro de 1968, por meio da Lei n.º 5.537, o Instituto Nacional de Desenvolvimento da Educação e Pesquisa (INDEP) foi transformado em Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE) por meio do Decreto n.º 872, de 15 de dezembro de 1969. Subsequentemente, a autarquia passou por mudanças que diversificaram suas funções, ampliaram a abrangência dos programas executados, ao mesmo tempo em que o volume de recursos gerenciados aumentou. Todas essas mudanças trouxeram desafios para a gestão das políticas e exigiram novas competências do corpo funcional da instituição.  

  Inicialmente, o FNDE funcionava apenas como órgão arrecadador, fiscalizador e gerencial. Era responsável, principalmente, por gerir uma das principais fontes de recursos do Ministério da Educação (MEC), o salário educação, transferindo para os estados e o Distrito Federal 2/3 dos recursos arrecadados. Em 1997, com a extinção da Fundação de Assistência ao Estudante (FAE), o FNDE ganhou novas atribuições, tornando-se responsável pelas políticas de assistência ao educando referentes às áreas alimentar e nutricional, didático-pedagógicas (livros, bibliotecas e material escolar) e apoio complementar (transporte escolar e assistência à saúde).

  Mais responsabilidades foram transferidas para a autarquia em 1998, quando foram extintas as delegacias regionais do Ministério da Educação (DEMEC), o que exigiu sua reorganização a fim de responder às responsabilidades pelo acompanhamento e fiscalização da arrecadação e execução dos projetos e programas do MEC. Também passou a fazer parte das atribuições do FNDE a análise de prestação de contas dos recursos liberados para estados e municípios. Em 2004, houve a transferência da gestão do Fundo de Desenvolvimento da Escola e do Programa de Melhoria e Expansão do Ensino Médio, o que, novamente, ampliou o conjunto de funções da autarquia.