Reforça a centralização da saúde como base para organização dos sistemas, estruturando as regiões sanitárias e instituindo colegiados de gestão nacional. Estabelece a hierarquização e estruturação de protocolos de gestão.

Explicita as diretrizes para o sistema de financiamento público bipartite: busca critérios de alocação igualitária dos recursos e reforça os mecanismos de transferência fundo a fundo entre gestores.

Radicaliza a descentralização de atribuições do Ministério da Saúde para os estados e para os municípios, promovendo um choque de descentralização, acompanhado da desburocratização dos processos normativos.

As prioridades do Pacto de Gestão são a centralização, o financiamento federal, e o planejamento. Cabe ao Ministério da Saúde a proposição de políticas, o financiamento, a cooperação técnica, a avaliação e regulação dos entes federados.