O monitoramento da qualidade da água idealmente deve ser feito de modo simultâneo com o monitoramento da vazão do manancial, para que se possa estimar a carga poluente. 

Se a carga poluente for mais alta no período chuvoso, pode-se inferir que predominam cargas poluentes pontuais na bacia, como lançamentos de esgotos sanitários urbanos, por exemplo.

 A concentração de um dado poluente na água resulta da multiplicação da vazão pela carga desse poluente. 

Alguns parâmetros de qualidade da água podem ser monitorados diretamente no campo, como temperatura, nutrientes e oxigênio dissolvido, ao passo que outros requerem coleta de amostras e processamento em laboratório, como pH e metais pesados. 

O processo de eutrofização está ligado à ocorrência de metais pesados na água.