A histopatologia tecidual constitui o melhor meio de confirmação de uma suspeita de FCM.

A FCM crônica se caracteriza por um curso clínico longo (geralmente de semanas) de febre alta, lesões erosivas e ulcerativas de mucosa, uveíte bilateral, lesões cutâneas hiperqueratóticas, linfadenopatia e lesões digitais.

O vírus da FCM ocasiona doença inflamatória multissistêmica, e os sinais clínicos resultam de uma vasculite severa em todos os órgãos. 

Bovinos e ovinos têm de interagir ou ficar em pastos comuns para que a doença, na forma esporádica ou epidêmica, apareça nos bovinos. 

A estomatite vesicular, febre aftosa, diarreia viral bovina e língua azul devem ser incluídas no diagnóstico diferencial de febre catarral maligna.