Os escolares com o diagnóstico de transtorno de aprendizagem apresentam alterações em habilidades, como identificação ou decodificação das palavras, leitura de pseudopalavras, fluência e compreensão de leitura, compreensão auditiva, cálculo, raciocínio matemático, soletração, aumento do vocabulário, expressão escrita e oral. 

Os escolares com dislexia apresentam dificuldade na leitura, habilidade de decodificação, consciência fonológica e limitação da memória de curta duração. Porém, apresentam discriminação dos sons preservada; facilidade de formar léxico para a estocagem e bom desempenho na escrita de palavras irregulares, não frequentes e pseudopalavras, assim como na expansão do vocabulário.

A relação entre a aprendizagem da leitura e a habilidade fonológica é bastante relevante para o escolar iniciante, pois se a representação fonológica não estiver assimilada podem ocorrer prejuízos na aprendizagem da leitura. Alterações nas habilidades fonológicas são observadas principalmente nos escolares com transtornos de aprendizagem que apresentam uma leitura lenta e laboriosa, colocando-os em desvantagem nas tarefas que requerem leitura.

A leitura pela rota fonológica depende da utilização do conhecimento das regras de conversão entre grafema e fonema para que a construção da pronúncia da palavra possa ser efetuada. A leitura pela rota lexical depende do conhecimento prévio de uma palavra e da memorização no sistema de reconhecimento visual de palavras, assim como da recuperação do significado e da pronúncia das palavras por meio de endereçamento direto ao léxico. Ambas as vias são complementares e usadas em diferentes medidas durante a leitura.