Uma das doenças mais amenas do milho, a mancha-branca (Pantoea ananatis) está distribuída nas regiões Sul e Sudeste do Brasil. Em condições de baixa pressão da doença, observa-se uma seca precoce das folhas com diminuição do período de enchimento dos grãos. 

O milho é um substrato pouco preferido por fungos em razão das suas características nutricionais, sendo uma das culturas menos propensas à contaminação por diversas micotoxinas.

As principais medidas recomendadas para o manejo de doenças na cultura do milho são: utilização de cultivares resistentes; realização do plantio em época adequada, de modo a se evitar que os períodos críticos para a cultura não coincidam com condições ambientais mais favoráveis ao desenvolvimento da doença; utilização de sementes de boa qualidade e tratadas com fungicidas; rotação com culturas não suscetíveis; rotação de cultivares e manejo adequado da lavoura – adubação equilibrada (N e K), população de plantas adequada, controle de pragas e de plantas invasoras e colheita na época correta.

A lagarta-do-cartucho-do-milho, Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae), é uma praga secundária em lavouras de milho no Brasil e ocorre apenas nas regiões com temperaturas amenas onde o milho é cultivado. 

Quando inserido no sistema plantio direto, em rotação com outras culturas produtoras de grãos ou mesmo em consorciação com gramíneas forrageiras tropicais, o milho proporciona malefícios na fertilidade química, física e biológica do solo, tanto pelo seu sistema radicular raso e pouco volumoso, como pela grande produção de massa seca da parte aérea, com baixa relação carbono/nitrogênio, conferindo cobertura vegetal de rápida degradação, fator indesejável para o sistema plantio direto.