O DNAmt é uma molécula diploide e apresenta níveis de variabilidade tão baixo que não é útil para análises de identificação humana. 

O DNA mitocondrial possui origem tanto materna quanto paterna, sendo geneticamente recombinado durante a fecundação, o que aumenta sua variabilidade.

O DNA mitocondrial é herdado exclusivamente da mãe, não sofre recombinação e está presente em centenas a milhares de copias por célula, o que o torna útil em análises forenses quando o DNA nuclear está degradado ou ausente.

A quantidade de DNA mitocondrial presente nas células é muito menor que a de DNA nuclear, o que limita sua utilização em amostras degradadas.

O DNAmt é protegido por histonas e possui um sistema de reparo altamente eficiente, o que faz com que sua taxa de mutação seja inferior à do DNA nuclear.