A presença de HPV16 em orofaringe indica a progressão para carcinoma, independentemente da expressão dos oncogenes virais. 

A expressão contínua dos oncogenes virais E6 e E7 em cânceres cervicais é essencial para a manutenção do fenótipo tumoral, sendo a inibição desses genes uma potencial estratégia terapêutica. 

A integração do DNA do HPV ao genoma celular promove a inativação de proto-oncogenes celulares, como c-myc, reduzindo o risco de transformação maligna. 

A principal diferença entre tumores de cabeça e pescoço HPV-positivos e HPV-negativos é a presença de mutações no gene RB, comum apenas nos tumores HPV-negativos.

A carga mutacional dos tumores cervicais associados ao HPV é geralmente baixa, refletindo o caráter transformador direto do vírus, sem necessidade de mutações adicionais.