O município foi emancipado em 1951, desmembrado de Palmas.

Francisco Beltrão foi fundado inicialmente como distrito de Pato Branco em 1945, com o nome “Vila Marrecas”, e só se tornou município autônomo em 1960, após votação popular. 

A primeira eleição municipal ocorreu antes da instalação oficial do município. 

Antes de se chamar Francisco Beltrão, a localidade era conhecida como Vila Marrecas.