O controle externo é o controle que um Poder exerce sobre seus próprios órgãos, entidades e servidores, de forma sistemática e contínua. 

O controle interno atua de forma independente do órgão ao qual pertence, realizando auditorias com poder de punição direta aos responsáveis por irregularidades.

A atuação dos órgãos de controle externo ocorre apenas quando há denúncia formal, não sendo possíveis auditorias de rotina ou fiscalização por iniciativa própria. 

O sistema de controle interno é de responsabilidade exclusiva do Poder Executivo.

Cabe ao controle interno exercer o controle das operações de crédito, avais e garantias, bem como dos direitos e haveres da União.