É competência do SUS organizar e controlar a formação de recursos humanos na área da saúde, incluindo a definição de currículos e programas educacionais de todas as instituições de ensino superior de saúde, por meio de resoluções da Comissão Nacional de Saúde.

Ao SUS cabe a participação na fiscalização da produção, transporte e comercialização de substâncias, produtos e equipamentos de interesse para a saúde, em articulação com órgãos competentes, mantendo a responsabilidade pela autorização de práticas industriais com potencial de impacto na saúde coletiva.

Compete ao SUS fiscalizar e inspecionar alimentos, compreendendo o controle de seu teor nutricional, bem como de bebidas e águas para consumo humano, além de promover o desenvolvimento de novas tecnologias que visem à segurança alimentar da população.

Compete ao SUS, em cooperação com outras entidades federativas, executar diretamente as ações de controle sanitário internacional, assumindo a coordenação centralizada de tais atividades, garantindo que estas não interfiram na autonomia dos estados.

O Sistema Único de Saúde é responsável por colaborar na proteção ambiental, no entanto, esta colaboração limita-se às ações que envolvam diretamente a saúde ocupacional e a prevenção de doenças do trabalho.

A Lei Orgânica da Saúde estabeleceu que a universalidade e a descentralização da gestão do SUS implicam, além do repasse de competências aos estados e municípios, a criação de mecanismos obrigatórios de pactuação intergestores.

A universalidade assegura o acesso integral, com equidade, a todos os níveis de atenção à saúde, e tem como pressuposto a gratuidade total dos serviços de saúde para toda a população, financiada especificamente pelo Governo Federal.

A equidade visa corrigir as desigualdades no acesso aos serviços de saúde. No entanto, na prática, o modelo organizacional do SUS implementado desde a sua criação permitiu que a alocação de recursos permanecesse homogênea entre as diferentes regiões do Brasil.

O controle social no SUS é exercido através dos Conselhos de Saúde e das Conferências de Saúde, e sua função é consultiva, não havendo prerrogativa de deliberação. Essa limitação estrutural dificulta a real efetivação do princípio da participação social na gestão do sistema.

A plena implementação da integralidade tem sido comprometida ao longo do tempo por limitações no financiamento tripartite (federal, estadual e municipal), as quais afetam a integração entre os níveis de atenção, especialmente a atenção primária.