O controle interno é função das unidades de auditoria interna e não envolve a alta administração; o TCU, por sua vez, atua como controle interno da União, podendo substituir controles administrativos no ciclo das contratações.

O controle interno é responsabilidade da alta administração e integra a governança das contratações, articulando gestão de riscos e controles; o controle externo, exercido pelo TCU, atua de forma independente e complementar, sem substituir o controle interno.

O controle interno, para resguardar a eficiência, recomenda sigilo da documentação de contratações até o julgamento final; dessa forma, a transparência ativa e o acesso público aos autos não constituem práticas exigidas no controle externo pelo Tribunal de Contas.

Os controles internos limitam-se às fases de seleção e contratação e não abrangem o planejamento ou a gestão contratual; o controle externo só incide após a execução integral, não cabendo atuações preventivas ou recomendações durante o processo.