O FUNDEB é caracterizado como fundo especial de natureza contábil, de âmbito estadual (um fundo por estado e Distrito Federal, num total de vinte e sete fundos).

Na aplicação dos recursos do FUNDEB, pelo menos 60% (sessenta por cento) será direcionado ao pagamento dos profissionais da educação básica em efetivo exercício no respectivo ente governamental.

A União complementará os recursos de cada FUNDEB em montante equivalente a, no mínimo, 23% (vinte e três por cento) do total de recursos destinados ao FUNDEB pelos estados, Distrito Federal e municípios.

Para cumprir a sua finalidade, o FUNDEB de cada estado conta com recursos provenientes dos impostos e das transferências do estado e de seus municípios, bem como de complementação financeira de responsabilidade da União.