Algoritmos de alinhamento heurísticos como o BLAST visam:

Os algoritmos de alinhamento de sequências são essenciais para a análise de sequências biológicas. Esses algoritmos são utilizados em diversas tarefas na Bioinformática, tais como montagem de genomas, análise filogenética e busca por similaridade. Com relação aos algoritmos de alinhamentos, analise as assertivas abaixo.

I. O algoritmo de alinhamento global Needleman-Wunsch consome tempo O(nm), onde n e m são os comprimentos das sequências que serão alinhadas.

II. A matriz de programação dinâmica que o algoritmo Smith-Waterman calcula tem entradas negativas ao alinhar duas sequências de nucleotídeos no sistema de escore que fornece uma penalidade de -5 de abertura de lacuna.

III. O e-value é o valor de probabilidade de encontrar, ao acaso, um hit com um escore maior que o escore calculado do alinhamento.

IV. Dependendo do sistema de pontuação utilizado, o problema de alinhamento múltiplo é NP-hard.

V. O algoritmo de alinhamento semi-global pode ser utilizado para ajudar na montagem de genomas.


Das assertivas acima, apenas: 

Snakemake é um gerenciador de workflows baseado no paradigma do GNU Make. Neste paradigma, define-se um conjunto de regras; cada regra especifica como criar um arquivo de saída a partir de arquivos de entrada. O conjunto dessas regras e as dependências entre elas estabelecem um grafo de dependências entre as tarefas. É correto afirmar que o grafo é:

A montagem de genomas complexos representa ainda um dos desafios mais intricados da Bioinformática. As sequências repetidas, em particular, fornecem uma dificuldade notável, pois essas podem confundir algoritmos de montagem, resultando em diversas e múltiplas possibilidades. Para mitigar esse problema e alcançar a montagem correta, a estratégia mais eficaz seria: