O local de preferência a ser escolhido para a realização da venopunção é a fossa antecubital.

As veias do dorso da mão também podem ser utilizadas para venopunção, especialmente quando a punção na fossa antecubital for impossibilitada por algum fator.

No dorso da mão recomenda-se puncionar preferencialmente o arco venoso dorsal, por ser o mais calibroso.

Caso as veias da fossa antecubital e do dorso da mão estejam indisponíveis, poderá ser puncionada a região inferior do punho como alternativa.

Pode-se coletar material de pacientes até no máximo 5 horas após o inicio da antibioticoterapia.

Caso a suspeita de infecção seja na orofaringe, pode-se coletar material de regiões próximas como a fossa nasal, pois a mesma estará contaminada pelo agente infeccioso presente na garganta.

Pacientes com diarreia devem aguardar o endurecimento das fezes para realizar a coleta de material, pois há muita perda de bactérias patogênicas nessa situação.

Materiais recebidos em soluções de formalina são inadequados para análise microbiológica.

No caso de acidente laboratorial com material potencialmente infeccioso, como o sangue, por exemplo, deve-se primeiro atender o indivíduo acidentado, e depois pedir ajuda para conter o material espalhado.

Para evitar a dispersão de aerossóis contendo microrganismos, deve-se sempre trabalhar em capelas de fluxo negativo.

Em caso de acidente com material potencialmente infectante para HIV, deve-se coletar sangue do acidentado e analisar também a amostra associada ao acidente, o mais breve possível.

Protozoários e helmintos constituem alguns dos agentes potencialmente causadores de infecções adquiridas por acidentes de laboratório com amostras biológicas.