A exploração de florestas e formações sucessoras, sob regime de manejo florestal sustentável e que estejam sob domínio público, depende de prévia aprovação, por órgão competente, de plano de manejo florestal sustentável e (PMFS). Já as florestas e as formações sucessoras sob domínio privado são tratadas à parte, pois constituem reservas legais das propriedades rurais.

O PMFS é o documento técnico básico que contém as diretrizes e os procedimentos para a administração da floresta, visando à obtenção de benefícios econômicos, sociais e ambientais. Tal documento é construído observando-se a definição de manejo florestal sustentável prevista da legislação brasileira.

A adoção de sistema silvicultural adequado e a promoção da regeneração natural da floresta são exemplos de fundamentos técnicos e científicos do PMFS.

Conforme o disposto no Decreto Federal n.º 6.321/2007, não há restrição na emissão de autorizações para novos desmatamentos no bioma amazônia nos seguintes casos: atividades de segurança nacional e proteção sanitária; obras essenciais de infra-estrutura destinadas aos serviços públicos de transporte, saneamento e energia; atividades de pesquisa e extração de substâncias minerais, outorgadas pela autoridade competente e com a devida licença ambiental; pesquisa arqueológica; e atividades imprescindíveis à proteção da integridade da vegetação nativa, tais como prevenção, combate e controle do fogo, controle da erosão, erradicação de espécies invasoras e proteção de plantios com espécies nativas, de acordo com o estabelecido pelo órgão ambiental competente.

Conforme o regramento instituído pela Instrução Normativa do MMA n.º 4/2002, constitui uma das modalidades de manejo florestal sustentável o legalmente chamado PMFS de uso múltiplo comunitário (PMFS comunitário).

A Instrução Normativa do IBAMA n.o 76/2005 diferencia, em seus termos, para fins de isenção do Imposto Territorial Rural (ITR), as tipologias áreas de preservação permanente, e áreas de utilização limitada. As áreas registradas como reservas particulares do patrimônio natural (RPPN), categoria de unidade de conservação instituída pela Lei Federal n.o 9.985/2000, do Sistema Nacional de Unidades de Conservação (SNUC), não estão incluídas em nenhuma das duas tipologias da referida instrução.

A Instrução Normativa n.º 4/2002 regra os procedimentos relativos às atividades de manejo florestal sustentável de uso múltiplo tanto na Amazônia Legal, área do bioma amazônia, quanto na área do bioma floresta atlântica.

De acordo com o que dispõe a Instrução Normativa do MMA n.º 3/2002, pode haver concessão de autorização de desmatamento em áreas passíveis de uso alternativo do solo, ainda que nessas áreas ocorram espécies ameaçadas de extinção, a depender da proposição de medidas compensatórias e mitigatórias que assegurem a conservação das referidas espécies.

A Instrução Normativa IBAMA n.º 112/2006 estabelece que, para efeito de transporte com o documento de origem florestal (DOF), são considerados como produtos florestais os produtos madeirosos, aparelhada ou não, e os subprodutos do beneficiamento da madeira nas serrarias.

Segundo a Instrução Normativa do IBAMA n.º 187/2008, para efetuar a seleção das empresas que devem receber a inspeção industrial do IBAMA, o órgão pode, entre outras formas, recorrer ao sorteio público, até mesmo utilizando-se de estratificação por região e porte das empresas.