Os juízes militares, em suas licenças, faltas e impedimentos, são substituídos pelos juízes-auditores substitutos, o mesmo acontecendo com os juízes-auditores.

Aos magistrados da justiça militar da União se aplicam a Lei Orgânica da Magistratura Nacional e a Lei Orgânica da Justiça Militar da União, sendo nomeados após a escolha do presidente da República, devendo tomar posse dentro de trinta dias contados da publicação oficial da nomeação e entrar em exercício em igual período, contado da posse.