A pemanência da maioria dos remanescentes de florestas em pequenas propriedades privadas, isolados e altamente impactados, tem resultado em mudanças previsíveis na estrutura e composição da comunidade vegetal e animal da Floresta Atlântica.

O fato de não ser possível encontrar onças pintadas nos ecossistemas de floresta atlântica brasileira indica que a espécie entrou em processo de extinção, desaparecendo até mesmo de fragmentos isolados que oferecem condições de sobrevivência.

Sabe-se que a extinção em fragmentos pequenos de floresta é um evento raro para espécies de pequenos mamíferos, sendo a sobrevivência da população de uma espécie independente de eventos de recolonização por serem capazes de cruzar a matriz entre os fragmentos ainda existentes.

Essa significativa redução de área combinada com o isolamento de uma matriz não florestal, tem causado alterações na dinâmica das populações, como a interrupção de processos ecológicos como polinização e dispersão de sementes em processos de sucessões ecológicas.

Fragmentos reduzidos, mesmo na total ausência de atividade de caça, têm conseguido manter a maioria das espécies de mamíferos, mesmo os que necessitam de áreas extensas para sobreviver, como frugívoros e predadores de grande porte.

Vários grupos de insetos estão representados por espécies capazes de viver no mangue. Muitos insetos como borboletas, besouros e moscas têm suas larvas fitófagas, alimentando-se da fauna de mangue.

A maioria dos peixes de áreas costeiras, explorados comercialmente pela população humana, como sardinhas, tainhas, robalos e camarões, independem dos manguezais para sua sobrevivência, por serem marinhos.

O manguezal é um ecossistema integrante do estuário marinho, habitado em toda a sua extensão por animais endógenos, que variam de formas microscópicas até grandes peixes, aves, répteis e mamíferos.

Muitas espécies de aves se alimentam de peixes e crustáceos no mangue, e, em uma íntima relação com o ambiente, seus dejetos servem de adubo, o que torna esse ecossistema ainda mais rico e produtivo.

Torna-se inexequível agrupar a fauna encontrada em manguezais em residente, semirresidente e visitante em função da variabilidade de hábitos alimentares, como é o caso dos herbívoros que comem material de origem vegetal.