Nos crimes entre militares estaduais do mesmo Estado, os casos em que o sujeito ativo e o sujeito passivo são militares estaduais — isto é, policiais militares ou bombeiros militares — pertencentes ao mesmo Estado e à mesma instituição, (por exemplo, PM contra PM ou CBM contra CBM), ou ainda ao mesmo Estado, mas instituições diferentes, (por exemplo, PM contra CBM), a competência para o julgamento é da Justiça Militar Federal. 

A competência para o julgamento de crimes envolvendo militares sempre será da Justiça Militar, independentemente das corporações envolvidas, (federais ou estaduais) e a relação entre os sujeitos ativo e passivo da infração penal. 

Os crimes entre militares federais e estaduais, nas hipóteses em que o crime tenha como sujeito ativo integrante das Forças Armadas, (militar federal) e Sujeito passivo policial militar ou bombeiro militar, (militar estadual), ou vice-versa, haverá crime militar. Nesses casos será julgado pela Justiça Militar, (estadual ou federal, conforme o caso concreto). 

A infração penal, praticada entre um militar federal e um estadual, não será considerada crime militar e escapará da competência da Justiça Militar.

Os crimes entre militares estaduais de estados diferentes, quando o crime envolve militares , (por exemplo, um policial militar de São Paulo cometendo crime contra um policial militar do Rio de Janeiro), o entendimento jurisprudencial consolidado é o de que a competência para o julgamento será da Justiça Militar Estadual do Estado de origem do sujeito passivo. Ou seja, o foro competente será o da unidade federativa a que pertence o militar que sofreu a infração. 

O inquérito policial militar é a apuração sumária de fato, que nos termos legais configure crime militar, e de sua autoria. Tem o caráter de instrução provisória, cuja finalidade precípua é a de ministrar elementos necessários à propositura da ação penal.

A natureza jurídica deste sistema é jurídica, tendo em vista de que o Corpo de Bombeiros Militar é um órgão da administração pública, que está dotado de poder jurisdicional.

Independentemente de flagrante delito, o indiciado poderá ficar detido, durante as investigações policiais, até quinze dias, comunicando-se a detenção à autoridade judiciária competente.

O inquérito policial militar deverá terminar dentro de trinta dias, se o indiciado estiver preso, contados a partir do dia em que se executar a ordem de prisão; ou no prazo de sessenta dias, quando o indiciado estiver solto, contado esse prazo da data da instauração do inquérito.

O inquérito policial militar é indispensável, pois a denúncia só poderá ser oferecida com base nele.