A presença de barragens interrompe a conectividade longitudinal dos rios, alterando fluxos de sedimentos, nutrientes e organismos, o que compromete ciclos reprodutivos de espécies migradoras.

A fragmentação longitudinal promove a homogeneização das comunidades aquáticas, favorecendo a manutenção das espécies migradoras e ampliando a conectividade ecológica entre os trechos do rio.

A formação de reservatórios intensifica a variabilidade hidrológica natural, mantendo regimes de cheias e vazantes semelhantes aos sistemas fluviais não barrados.

O barramento de cursos d’água não interfere nos processos de ciclagem de nutrientes, uma vez que a coluna d’água permanece em constante renovação devido à descarga controlada da barragem.