A respeito de predição de estrutura de proteínas, de redes de computadores e Internet, de técnicas de análise de expressão gênica em escala, de técnicas de sequenciamento de DNA em escala e de visualização e manipulação de estruturas de macromoléculas biológicas, julgue o item seguinte. 

Ferramentas de IA, como o AlphaFold, permitem predições de estrutura de proteínas. 

No que se refere a métodos heurísticos e à modelagem comparativa por homologia, julgue o seguinte item. 

A bioinformática trata do manuseio de dados genômicos, seja para tratamento da estrutura e do armazenamento dos dados, seja para a análise e geração de conhecimento em processos automáticos ou semiautomatizados.  

No que se refere a métodos heurísticos e à modelagem comparativa por homologia, julgue o seguinte item. 

Na área de genética e biologia molecular, com ênfase em bioinformática, a análise de dados em sistemas de informação biológicos e os bancos de dados biológicos são ferramentas de análise e comparação de genomas, probabilidade e estatística aplicada ao melhoramento animal e à experimentação agropecuária, não tendo, porém, eficácia na geração de marcadores moleculares. 

No que se refere a métodos heurísticos e à modelagem comparativa por homologia, julgue o seguinte item. 

A utilização de uma busca heurística é uma alternativa à busca exaustiva, pois, nesta, se o número de características for muito grande, a busca será muito custosa computacionalmente, pois existem n subconjuntos para n características. 

No que se refere a métodos heurísticos e à modelagem comparativa por homologia, julgue o seguinte item. 

A modelagem molecular consiste no estudo da geometria e das propriedades das moléculas por meio de técnicas computacionais para a elucidação de interações intra/intermoleculares, mecanismos de reações químicas e estrutura e função de proteínas difíceis de serem purificadas em grande escala, e, para a construção do modelo de uma proteína, utilizam-se padrões de geometria de átomos e de ligações químicas (especialmente tamanho e ângulos). 

No que se refere a métodos heurísticos e à modelagem comparativa por homologia, julgue o seguinte item. 

A modelagem dos dados por meio do algoritmo índex overlay pode ser utilizada por metodologia heurística para mapeamento cartográfico, classificando-se maior ou menor susceptibilidade de riscos. 

O processo de anotação genômica requer o uso de fundamentos de biologia e diversas ferramentas para auxiliar o processo. A esse respeito, julgue o item a seguir.

Os programas de alinhamento múltiplo de sequências, como o MUSCLE, CLUSTAL W e MAFFT, fazem uso da estratégia de alinhamento progressivo,em que uma árvore-guia é gerada a partir de todas as combinações de alinhamentos par-a-par, e, posteriormente, alinham-se as duas mais similares de acordo com a pontuação fornecida por uma matriz de substituição selecionável pelo usuário. 

O processo de anotação genômica requer o uso de fundamentos de biologia e diversas ferramentas para auxiliar o processo. A esse respeito, julgue o item a seguir.

As matrizes de substituição são fundamentais para a realização de alinhamentos de sequências biológicas, e as variantes BLOSUM e PAM são o padrão em programas como o CLUSTAL W e BLAST, visto que elas modulam a taxa de substituição entre os aminoácidos e nucleotídeos que fornecem escores para as lacunas (gaps). 

O processo de anotação genômica requer o uso de fundamentos de biologia e diversas ferramentas para auxiliar o processo. A esse respeito, julgue o item a seguir.

O alinhamento de duas sequências biológicas é um exemplo clássico de  utilização da programação dinâmica, especificamente para contemplar os diferentes tipos de alfabetos de caracteres no DNA e nas proteínas. 

O processo de anotação genômica requer o uso de fundamentos de biologia e diversas ferramentas para auxiliar o processo. A esse respeito, julgue o item a seguir.

Na anotação genômica, é fundamental o estabelecimento de relações evolutivas e funcionais com espécies afins, e a busca por ortólogos é central para os esforços de transferência de anotação funcional, o que pode ser feito por meio de buscas em bancos de dados curados com grupos de genes ortólogos, como o KEGG. 

Em relação às técnicas “ômicas”, julgue o item seguinte. 

Estudos de genômica comparativa em plantas revelam que, dentro de uma espécie, enquanto os genes codificadores de proteínas são estritamente conservados, observa-se uma divergência evidente em termos de variantes estruturais nos genomas, fundamental para a determinação de características fenotípicas de interesse para a produção agrícola. 

Em relação às técnicas “ômicas”, julgue o item seguinte. 

Nas análises transcriptômicas, é recomendado o uso de tecnologias PacBio e Oxford Nanopore para sequenciar moléculas de RNA diretamente (sem conversão para cDNA) e, também, identificar transcritos completos, devido ao tamanho das leituras geradas, o que permite resolver isoformas completas e eventos de poliadenilação alternativa dos transcritos. 

Em relação às técnicas “ômicas”, julgue o item seguinte. 

Nas análises metabolômicas por ressonância nuclear magnética, as intensidades dos picos de detecção dos metabólitos são geralmente indicativas da concentração absoluta desses metabólito, enquanto as técnicas baseadas em espectrometria de massa não são correlacionadas com as concentrações absolutas, mas pode-se estabelecer uma quantificação relativa dos metabólitos a partir da comparação com uma amostra de referência. 

Em relação às técnicas “ômicas”, julgue o item seguinte. 

As duas tecnologias principais de detecção de moléculas analisadas pela metabolômica são a ressonância nuclear magnética (RNM) e a espectrometria de massa (EM), e, nessa análise, a primeira é a mais recomendada para avaliar o processo de amadurecimento de frutos por monitoramento do fito-hormônio do que a segunda. 

Em relação às técnicas “ômicas”, julgue o item seguinte. 

Entre as técnicas de redução de complexidade de genomas para diminuir custos de descoberta e genotipagem simultânea de milhares de marcadores genéticos estão a utilização de enzimas de restrição e seleção de fragmentos por tamanho (GBS e RADseq) e o RNA-seq. 

Em relação às técnicas “ômicas”, julgue o item seguinte.

A tecnologia Oxford Nanopore (kit R9.4) é a principal escolha nos programas de melhoramento assistido para genotipar marcadores genéticos do tipo SNP e microssatélites, por ser rápido, por não requerer amplificação por PCR e, principalmente, por poder amostrar milhares de bases em algumas leituras.  

Julgue o próximo item, pertinentes ao uso das ferramentas da informática nas pesquisas científicas em biotecnologia. 

A vantagem do Linux como sistema operacional de escolha para análises bioinformáticas é a disponibilidade de diversos programas executáveis via linha de comando em um terminal de texto. Em um arquivo FASTA (seq.fas) com milhões de sequências, pode-se contar o número único de sequências com o encadeamento dos seguintes comandos de shell BASH no terminal: 'grep ">" seq.fas | sort | uniq | wc -l'. 

Julgue o próximo item, pertinentes ao uso das ferramentas da informática nas pesquisas científicas em biotecnologia. 

As diretrizes FAIR (findability, accessibility, interoperability, and reusability) foram delineadas para promover o reúso de dados científicos, como a designação de identificadores únicos e persistentes não só para os arquivos de dados, mas também para metadados, que devem descrever a procedência e natureza dos dados. 

Julgue o próximo item, pertinentes ao uso das ferramentas da informática nas pesquisas científicas em biotecnologia. 

O gerenciador de pacotes “conda” pode ser utilizado para todos os sistemas operacionais, ao passo que o bioconda, que não suporta o sistema operacional Windows nativamente, consiste em um projeto que estende os pacotes do conda com milhares de programas utilizados na bioinformática, como o NCBI BLAST. 

Julgue o próximo item, pertinentes ao uso das ferramentas da informática nas pesquisas científicas em biotecnologia. 

O projeto Bioconductor fornece um ecossistema de software livre, baseado na linguagem Python, e um grande repositório de métodos estatísticos e gráficos para análise de dados genômicos e de diversas outras técnicas “ômicas”.