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O sequenciador 454 produz sequências de cerca de 250 bases de comprimento, enquanto o Illumina obtém fragmentos de DNA com 45 bases, no máximo.
A partir de um genoma de referência, pode-se mapear as sequências produzidas pelas novas tecnologias de sequenciamento e agrupá-las conforme sua posição relativa, e, a partir desse mapeamento, identificar polimorfismos responsáveis pela manifestação de doenças como o câncer.
O formato padrão dos arquivos produzidos pelo sequenciador SOLID foi nomeado Standard Flowgram File (SFF) e pode conter dados de uma ou várias sequências.
O sequenciador Illumina utiliza a técnica de sequenciamento por síntese, em que um nucleotídeo é incorporado por vez, em uma reação catalizada pelo DNA polimerase fixada em uma nanoesfera.
No pirossequenciamento, ocorre a amplificação do DNA por PCR em emulsão, e a incorporação de cada nucleotídeo acarreta a liberação de pirofosfato.
Tendo o texto apresentado acima apenas como referência inicial, julgue os itens subsequentes.
Na quantificação dos spots de um microarranjo, a intensidade é igual à diferença entre a mediana da intensidade de luz (vermelha ou verde) e a mediana da intensidade de luz do background, multiplicada pela área do círculo.
Tendo o texto apresentado acima apenas como referência inicial, julgue os itens subsequentes.
Em um experimento de microarranjo, as imagens constituem os dados da análise de expressão gênica, sendo diretamente obtidas no processo de endereçamento das regiões, sem a influência dos spots.
Tendo o texto apresentado acima apenas como referência inicial, julgue os itens subsequentes.
A tecnologia de microarranjos baseia-se na hibridização entre as proteínas derivadas de um espécime biológico que são marcadas por fluorocromos e uma sonda de DNA de uma amostra desconhecida.
Ortólogos são genes que possuem funções diferentes em espécies diferentes.
Parálogos são genes que possuem a mesma função na mesma espécie, em consequência de fenômenos de duplicação gênica.
O programa BLASTp permite a comparação de uma sequência de aminoácidos com todas as proteínas de cada sequência de aminoácido possível, calculada a partir de cada sequência de nucleotídeos depositada no banco, nos 6 quadros de leitura, além das sequências depositadas diretamente como string (sequência) de aminoácidos.
A matriz de penalidade BLOSUM62 considera os blocos de sequência com, no máximo, 62% de identidade.
Duas sequências similares e com a mesma função são ditas homólogas e não têm ancestral comum.
No resultado de alinhamento, por meio do programa BLAST, de gene associado ao câncer de mama, o e-value corresponde ao inverso da probabilidade resultante de um alinhamento que seja obtido ao acaso com uma sequência do banco de dados.
O método SAGE provê uma análise quantitativa da expressão gênica, com a vantagem de conseguir detectar transcritos desconhecidos em uma hiperplasia.
O formato FASTA de sequências nucleotídicas é sempre mostrado em letras minúsculas.
O sequenciamento genômico estrutural de célula extraída de câncer utiliza bibliotecas de cDNA, submetidas a processo de shot gun.
O formato de sequências FASTA obedece a um padrão que é definido por uma linha que se inicia pelo símbolo >, que determina uma definição curta sobre a sequência.
O alinhamento múltiplo de sequências pode ser local ou global
A análise filogenética usa geralmente o alinhamento múltiplo de sequências.