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Tendo o texto apresentado acima apenas como referência inicial, julgue os itens subsequentes.
A tecnologia de microarranjos baseia-se na hibridização entre as proteínas derivadas de um espécime biológico que são marcadas por fluorocromos e uma sonda de DNA de uma amostra desconhecida.
Ortólogos são genes que possuem funções diferentes em espécies diferentes.
Parálogos são genes que possuem a mesma função na mesma espécie, em consequência de fenômenos de duplicação gênica.
O programa BLASTp permite a comparação de uma sequência de aminoácidos com todas as proteínas de cada sequência de aminoácido possível, calculada a partir de cada sequência de nucleotídeos depositada no banco, nos 6 quadros de leitura, além das sequências depositadas diretamente como string (sequência) de aminoácidos.
A matriz de penalidade BLOSUM62 considera os blocos de sequência com, no máximo, 62% de identidade.
Duas sequências similares e com a mesma função são ditas homólogas e não têm ancestral comum.
No resultado de alinhamento, por meio do programa BLAST, de gene associado ao câncer de mama, o e-value corresponde ao inverso da probabilidade resultante de um alinhamento que seja obtido ao acaso com uma sequência do banco de dados.
O método SAGE provê uma análise quantitativa da expressão gênica, com a vantagem de conseguir detectar transcritos desconhecidos em uma hiperplasia.
O formato FASTA de sequências nucleotídicas é sempre mostrado em letras minúsculas.
O sequenciamento genômico estrutural de célula extraída de câncer utiliza bibliotecas de cDNA, submetidas a processo de shot gun.
O formato de sequências FASTA obedece a um padrão que é definido por uma linha que se inicia pelo símbolo >, que determina uma definição curta sobre a sequência.
O alinhamento múltiplo de sequências pode ser local ou global
A análise filogenética usa geralmente o alinhamento múltiplo de sequências.
Os métodos progressivos de alinhamento múltiplo de n sequências possibilitam calcular, na última fase, o alinhamento de todos os possíveis pares de sequências.
O HMMER usa modelos coloridos de Markov para alinhar uma sequência de aminoácidos com um determinado perfil (profile).
O CLUSTALW é uma das ferramentas heurísticas mais comuns para alinhamento múltiplo de sequências.
O alinhamento múltiplo de sequências é bastante utilizado para obtenção das estruturas terciárias das proteínas que compõem o mesmo.
O alinhamento múltiplo de sequências consiste no alinhamento de mais de duas sequências.
O BLAST é um conjunto de programas que podem ser executados via sítio do NCBI.
O programa ssearch permite implementar uma variação do BLAST.