Questões de Concurso
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A análise não supervisionada define classes de tumores por meio do agrupamento de genes ou espécimes, com base nas semelhanças dos perfis de expressão gênica, sem qualquer organização inicial.
A técnica de microarranjo permite a detecção de centenas e milhares de alterações em genes codificadores de proteínas e anormalidades em genes não codificadores.
O desenho experimental de um microarranjo permite a identificação de genes diferencialmente expressos e o desenvolvimento de novas ferramentas de diagnóstico.
A normalização utiliza descritores estatísticos que incluem a média, mediana, moda ou percentil da distribuição da intensidade das amostras no arranjo.
As medidas de intensidade de fluorescência, em cada canal de cor da imagem, podem ser distorcidas durante os passos de preparação de dados. A normalização de dados desconsidera condições experimentais como as variações de intensidade e hibridização
De modo geral, os passos para a análise de microarranjos são: preparação, aquisição, processamento, análise da imagem, quantificação e normalização e, finalmente, a identificação dos genes diferencialmente expressos.
A partir de um genoma de referência, pode-se mapear as sequências produzidas pelas novas tecnologias de sequenciamento e agrupá-las conforme sua posição relativa, e, a partir desse mapeamento, identificar polimorfismos responsáveis pela manifestação de doenças como o câncer.
O formato padrão dos arquivos produzidos pelo sequenciador SOLID foi nomeado Standard Flowgram File (SFF) e pode conter dados de uma ou várias sequências.
O sequenciador Illumina utiliza a técnica de sequenciamento por síntese, em que um nucleotídeo é incorporado por vez, em uma reação catalizada pelo DNA polimerase fixada em uma nanoesfera.
No pirossequenciamento, ocorre a amplificação do DNA por PCR em emulsão, e a incorporação de cada nucleotídeo acarreta a liberação de pirofosfato.
Tendo o texto apresentado acima apenas como referência inicial, julgue os itens subsequentes.
Em um experimento de microarranjo, as imagens constituem os dados da análise de expressão gênica, sendo diretamente obtidas no processo de endereçamento das regiões, sem a influência dos spots.
O programa BLASTp permite a comparação de uma sequência de aminoácidos com todas as proteínas de cada sequência de aminoácido possível, calculada a partir de cada sequência de nucleotídeos depositada no banco, nos 6 quadros de leitura, além das sequências depositadas diretamente como string (sequência) de aminoácidos.
A matriz de penalidade BLOSUM62 considera os blocos de sequência com, no máximo, 62% de identidade.
O método SAGE provê uma análise quantitativa da expressão gênica, com a vantagem de conseguir detectar transcritos desconhecidos em uma hiperplasia.
O formato FASTA de sequências nucleotídicas é sempre mostrado em letras minúsculas.
O sequenciamento genômico estrutural de célula extraída de câncer utiliza bibliotecas de cDNA, submetidas a processo de shot gun.
O formato de sequências FASTA obedece a um padrão que é definido por uma linha que se inicia pelo símbolo >, que determina uma definição curta sobre a sequência.
Os métodos progressivos de alinhamento múltiplo de n sequências possibilitam calcular, na última fase, o alinhamento de todos os possíveis pares de sequências.
O HMMER usa modelos coloridos de Markov para alinhar uma sequência de aminoácidos com um determinado perfil (profile).
O CLUSTALW é uma das ferramentas heurísticas mais comuns para alinhamento múltiplo de sequências.