Questões de Concurso
Comentadas para analista (superior)
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O processo de anotação genômica requer o uso de fundamentos de biologia e diversas ferramentas para auxiliar o processo. A esse respeito, julgue o item a seguir.
As matrizes de substituição são fundamentais para a realização de alinhamentos de sequências biológicas, e as variantes BLOSUM e PAM são o padrão em programas como o CLUSTAL W e BLAST, visto que elas modulam a taxa de substituição entre os aminoácidos e nucleotídeos que fornecem escores para as lacunas (gaps).
O processo de anotação genômica requer o uso de fundamentos de biologia e diversas ferramentas para auxiliar o processo. A esse respeito, julgue o item a seguir.
O alinhamento de duas sequências biológicas é um exemplo clássico de utilização da programação dinâmica, especificamente para contemplar os diferentes tipos de alfabetos de caracteres no DNA e nas proteínas.
O processo de anotação genômica requer o uso de fundamentos de biologia e diversas ferramentas para auxiliar o processo. A esse respeito, julgue o item a seguir.
Na anotação genômica, é fundamental o estabelecimento de relações evolutivas e funcionais com espécies afins, e a busca por ortólogos é central para os esforços de transferência de anotação funcional, o que pode ser feito por meio de buscas em bancos de dados curados com grupos de genes ortólogos, como o KEGG.
Em relação às técnicas “ômicas”, julgue o item seguinte.
Estudos de genômica comparativa em plantas revelam que, dentro de uma espécie, enquanto os genes codificadores de proteínas são estritamente conservados, observa-se uma divergência evidente em termos de variantes estruturais nos genomas, fundamental para a determinação de características fenotípicas de interesse para a produção agrícola.
Em relação às técnicas “ômicas”, julgue o item seguinte.
Nas análises transcriptômicas, é recomendado o uso de tecnologias PacBio e Oxford Nanopore para sequenciar moléculas de RNA diretamente (sem conversão para cDNA) e, também, identificar transcritos completos, devido ao tamanho das leituras geradas, o que permite resolver isoformas completas e eventos de poliadenilação alternativa dos transcritos.
Em relação às técnicas “ômicas”, julgue o item seguinte.
As duas tecnologias principais de detecção de moléculas analisadas pela metabolômica são a ressonância nuclear magnética (RNM) e a espectrometria de massa (EM), e, nessa análise, a primeira é a mais recomendada para avaliar o processo de amadurecimento de frutos por monitoramento do fito-hormônio do que a segunda.
Em relação às técnicas “ômicas”, julgue o item seguinte.
Entre as técnicas de redução de complexidade de genomas para diminuir custos de descoberta e genotipagem simultânea de milhares de marcadores genéticos estão a utilização de enzimas de restrição e seleção de fragmentos por tamanho (GBS e RADseq) e o RNA-seq.
Em relação às técnicas “ômicas”, julgue o item seguinte.
A tecnologia Oxford Nanopore (kit R9.4) é a principal escolha nos programas de melhoramento assistido para genotipar marcadores genéticos do tipo SNP e microssatélites, por ser rápido, por não requerer amplificação por PCR e, principalmente, por poder amostrar milhares de bases em algumas leituras.
Julgue o próximo item, pertinentes ao uso das ferramentas da informática nas pesquisas científicas em biotecnologia.
A vantagem do Linux como sistema operacional de escolha para análises bioinformáticas é a disponibilidade de diversos programas executáveis via linha de comando em um terminal de texto. Em um arquivo FASTA (seq.fas) com milhões de sequências, pode-se contar o número único de sequências com o encadeamento dos seguintes comandos de shell BASH no terminal: 'grep ">" seq.fas | sort | uniq | wc -l'.
Julgue o próximo item, pertinentes ao uso das ferramentas da informática nas pesquisas científicas em biotecnologia.
As diretrizes FAIR (findability, accessibility, interoperability, and reusability) foram delineadas para promover o reúso de dados científicos, como a designação de identificadores únicos e persistentes não só para os arquivos de dados, mas também para metadados, que devem descrever a procedência e natureza dos dados.
Julgue o próximo item, pertinentes ao uso das ferramentas da informática nas pesquisas científicas em biotecnologia.
O gerenciador de pacotes “conda” pode ser utilizado para todos os sistemas operacionais, ao passo que o bioconda, que não suporta o sistema operacional Windows nativamente, consiste em um projeto que estende os pacotes do conda com milhares de programas utilizados na bioinformática, como o NCBI BLAST.
Julgue o próximo item, pertinentes ao uso das ferramentas da informática nas pesquisas científicas em biotecnologia.
O projeto Bioconductor fornece um ecossistema de software livre, baseado na linguagem Python, e um grande repositório de métodos estatísticos e gráficos para análise de dados genômicos e de diversas outras técnicas “ômicas”.
Julgue o próximo item, pertinentes ao uso das ferramentas da informática nas pesquisas científicas em biotecnologia.
A transformada de Burrows-Wheeler foi originalmente concebida para auxiliar na compressão de dados e, na bioinformática, foi adaptada como base algorítmica central para diversos programas de montagem de genomas e metagenomas.
Na avaliação das propriedades de uma enzima obtida em
laboratório (chamada de enzima X), notou-se que sua atividade
catalítica aumentava progressivamente com o aumento de
temperatura entre 20 °C e 50 °C, mas que era perdida
subitamente a 60 °C. Em outro teste, notou-se que a adição de um
inibidor era capaz de aumentar a constante Km, mas não diminuir
a
velocidade máxima da reação catalisada pela enzima X.
Observou-se, também, que a inibição de uma proteína quinase no
organismo que gera a enzima X levava a um aumento da
atividade dessa enzima. Essa proteína quinase inibida tem como
substrato a enzima X.
Considerando as informações precedentes, julgue o item subsequente.
A enzima em questão tem temperatura ótima de 50 °C.
Na avaliação das propriedades de uma enzima obtida em
laboratório (chamada de enzima X), notou-se que sua atividade
catalítica aumentava progressivamente com o aumento de
temperatura entre 20 °C e 50 °C, mas que era perdida
subitamente a 60 °C. Em outro teste, notou-se que a adição de um
inibidor era capaz de aumentar a constante Km, mas não diminuir
a
velocidade máxima da reação catalisada pela enzima X.
Observou-se, também, que a inibição de uma proteína quinase no
organismo que gera a enzima X levava a um aumento da
atividade dessa enzima. Essa proteína quinase inibida tem como
substrato a enzima X.
Considerando as informações precedentes, julgue o item subsequente.
Nessa situação hipotética, a inibição é do tipo competitiva, reversível.
Na avaliação das propriedades de uma enzima obtida em
laboratório (chamada de enzima X), notou-se que sua atividade
catalítica aumentava progressivamente com o aumento de
temperatura entre 20 °C e 50 °C, mas que era perdida
subitamente a 60 °C. Em outro teste, notou-se que a adição de um
inibidor era capaz de aumentar a constante Km, mas não diminuir
a
velocidade máxima da reação catalisada pela enzima X.
Observou-se, também, que a inibição de uma proteína quinase no
organismo que gera a enzima X levava a um aumento da
atividade dessa enzima. Essa proteína quinase inibida tem como
substrato a enzima X.
Considerando as informações precedentes, julgue o item subsequente.
No contexto analisado, a fosforilação da enzima X inibe sua atividade.
Em um projeto de prospecção de fungos com o objetivo
de produção enzimática, obteve-se uma condição de cultivo
adequada ao aumento de secreção da enzima de interesse. Foram
utilizados métodos de análise para identificação e quantificação
de tal enzima no meio de cultivo. A identificação foi feita por
digestão da enzima e sequenciamento dos peptídios, mediante
espectrometria de massa. A massa molecular média da enzima foi
determinada como 55 kDa.
Considerando essa situação hipotética, julgue o próximo item.
A injeção de uma mistura de peptídios trípticos dessa enzima, em um sistema cromatográfico de fase reversa acoplado a um espectrômetro de massa com analisadores do tipo quadrupolo e tempo de voo, fornece dados suficientes para a identificação da enzima em um banco de dados.
Em um projeto de prospecção de fungos com o objetivo
de produção enzimática, obteve-se uma condição de cultivo
adequada ao aumento de secreção da enzima de interesse. Foram
utilizados métodos de análise para identificação e quantificação
de tal enzima no meio de cultivo. A identificação foi feita por
digestão da enzima e sequenciamento dos peptídios, mediante
espectrometria de massa. A massa molecular média da enzima foi
determinada como 55 kDa.
Considerando essa situação hipotética, julgue o próximo item.
Apesar de nem sempre ser diretamente acoplada à cromatografia, a espectrometria de massa com ionização por desorção a laser é suficiente para a determinação de massa molecular da enzima, como a descrita na situação em análise.
Em um projeto de prospecção de fungos com o objetivo
de produção enzimática, obteve-se uma condição de cultivo
adequada ao aumento de secreção da enzima de interesse. Foram
utilizados métodos de análise para identificação e quantificação
de tal enzima no meio de cultivo. A identificação foi feita por
digestão da enzima e sequenciamento dos peptídios, mediante
espectrometria de massa. A massa molecular média da enzima foi
determinada como 55 kDa.
Considerando essa situação hipotética, julgue o próximo item.
A digestão da enzima para identificação por LCMS deve ser feita utilizando-se aminopeptidase, que é vantajosa em relação a outras proteases por produzir a grande maioria dos peptídios com radicais polares no C-terminal.
Um projeto de pesquisa visa à extração e à purificação de
uma enzima com atividade proteolítica a partir de 20 kg de um
extrato vegetal, de forma a preservar a atividade enzimática até o
final do processo, pois a enzima se desnatura facilmente.
Espera-se, com isso, extrair cerca de 20 microgramas da enzima
purificada e ativa em cada lote de material processado, que tenha
sido
considerado
material
suficiente
para
posteriores
caracterizações estruturais e funcionais da enzima.
Considerando essa situação hipotética, julgue o item a seguir.
É recomendado o uso de inibidores reversíveis de proteases durante o processo de extração e purificação.
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