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O formato padrão dos arquivos produzidos pelo sequenciador SOLID foi nomeado Standard Flowgram File (SFF) e pode conter dados de uma ou várias sequências.
O sequenciador Illumina utiliza a técnica de sequenciamento por síntese, em que um nucleotídeo é incorporado por vez, em uma reação catalizada pelo DNA polimerase fixada em uma nanoesfera.
No pirossequenciamento, ocorre a amplificação do DNA por PCR em emulsão, e a incorporação de cada nucleotídeo acarreta a liberação de pirofosfato.
Tendo o texto apresentado acima apenas como referência inicial, julgue os itens subsequentes.
Em um experimento de microarranjo, as imagens constituem os dados da análise de expressão gênica, sendo diretamente obtidas no processo de endereçamento das regiões, sem a influência dos spots.
O programa BLASTp permite a comparação de uma sequência de aminoácidos com todas as proteínas de cada sequência de aminoácido possível, calculada a partir de cada sequência de nucleotídeos depositada no banco, nos 6 quadros de leitura, além das sequências depositadas diretamente como string (sequência) de aminoácidos.
A matriz de penalidade BLOSUM62 considera os blocos de sequência com, no máximo, 62% de identidade.
O método SAGE provê uma análise quantitativa da expressão gênica, com a vantagem de conseguir detectar transcritos desconhecidos em uma hiperplasia.
O formato FASTA de sequências nucleotídicas é sempre mostrado em letras minúsculas.
O sequenciamento genômico estrutural de célula extraída de câncer utiliza bibliotecas de cDNA, submetidas a processo de shot gun.
O formato de sequências FASTA obedece a um padrão que é definido por uma linha que se inicia pelo símbolo >, que determina uma definição curta sobre a sequência.
Os métodos progressivos de alinhamento múltiplo de n sequências possibilitam calcular, na última fase, o alinhamento de todos os possíveis pares de sequências.
O HMMER usa modelos coloridos de Markov para alinhar uma sequência de aminoácidos com um determinado perfil (profile).
O CLUSTALW é uma das ferramentas heurísticas mais comuns para alinhamento múltiplo de sequências.
O alinhamento múltiplo de sequências é bastante utilizado para obtenção das estruturas terciárias das proteínas que compõem o mesmo.
O alinhamento múltiplo de sequências consiste no alinhamento de mais de duas sequências.
O BLAST é um conjunto de programas que podem ser executados via sítio do NCBI.
O programa ssearch permite implementar uma variação do BLAST.
O BLAST é executado em duas grandes fases: semeadura (seeding) e extensão
O algoritmo de Smith-Waterman permite encontrar o alinhamento ótimo entre duas sequências, porém, devido à sua complexidade exponencial de tempo, sua execução é muito demorada.
O objetivo principal da comparação de sequências biológicas é encontrar o(s) alinhamento(s) de maior escore de similaridade.