A respeito de predição de estrutura de proteínas, de redes de computadores e Internet, de técnicas de análise de expressão gênica em escala, de técnicas de sequenciamento de DNA em escala e de visualização e manipulação de estruturas de macromoléculas biológicas, julgue o item seguinte. 

A introdução de sistemas integrados à Internet na agricultura familiar pouco contribui para o sistema produtivo, pois o custo de sua implementação é muito superior aos possíveis benefícios que possam gerar. 

A respeito de predição de estrutura de proteínas, de redes de computadores e Internet, de técnicas de análise de expressão gênica em escala, de técnicas de sequenciamento de DNA em escala e de visualização e manipulação de estruturas de macromoléculas biológicas, julgue o item seguinte. 

Ferramentas de IA, como o AlphaFold, permitem predições de estrutura de proteínas. 

No que se refere a métodos heurísticos e à modelagem comparativa por homologia, julgue o seguinte item. 

A bioinformática trata do manuseio de dados genômicos, seja para tratamento da estrutura e do armazenamento dos dados, seja para a análise e geração de conhecimento em processos automáticos ou semiautomatizados.  

No que se refere a métodos heurísticos e à modelagem comparativa por homologia, julgue o seguinte item. 

Na área de genética e biologia molecular, com ênfase em bioinformática, a análise de dados em sistemas de informação biológicos e os bancos de dados biológicos são ferramentas de análise e comparação de genomas, probabilidade e estatística aplicada ao melhoramento animal e à experimentação agropecuária, não tendo, porém, eficácia na geração de marcadores moleculares. 

No que se refere a métodos heurísticos e à modelagem comparativa por homologia, julgue o seguinte item. 

A utilização de uma busca heurística é uma alternativa à busca exaustiva, pois, nesta, se o número de características for muito grande, a busca será muito custosa computacionalmente, pois existem n subconjuntos para n características. 

No que se refere a métodos heurísticos e à modelagem comparativa por homologia, julgue o seguinte item. 

A modelagem dos dados por meio do algoritmo índex overlay pode ser utilizada por metodologia heurística para mapeamento cartográfico, classificando-se maior ou menor susceptibilidade de riscos. 

O processo de anotação genômica requer o uso de fundamentos de biologia e diversas ferramentas para auxiliar o processo. A esse respeito, julgue o item a seguir.

Os programas de alinhamento múltiplo de sequências, como o MUSCLE, CLUSTAL W e MAFFT, fazem uso da estratégia de alinhamento progressivo,em que uma árvore-guia é gerada a partir de todas as combinações de alinhamentos par-a-par, e, posteriormente, alinham-se as duas mais similares de acordo com a pontuação fornecida por uma matriz de substituição selecionável pelo usuário. 

O processo de anotação genômica requer o uso de fundamentos de biologia e diversas ferramentas para auxiliar o processo. A esse respeito, julgue o item a seguir.

As matrizes de substituição são fundamentais para a realização de alinhamentos de sequências biológicas, e as variantes BLOSUM e PAM são o padrão em programas como o CLUSTAL W e BLAST, visto que elas modulam a taxa de substituição entre os aminoácidos e nucleotídeos que fornecem escores para as lacunas (gaps). 

O processo de anotação genômica requer o uso de fundamentos de biologia e diversas ferramentas para auxiliar o processo. A esse respeito, julgue o item a seguir.

O alinhamento de duas sequências biológicas é um exemplo clássico de  utilização da programação dinâmica, especificamente para contemplar os diferentes tipos de alfabetos de caracteres no DNA e nas proteínas. 

O processo de anotação genômica requer o uso de fundamentos de biologia e diversas ferramentas para auxiliar o processo. A esse respeito, julgue o item a seguir.

Na anotação genômica, é fundamental o estabelecimento de relações evolutivas e funcionais com espécies afins, e a busca por ortólogos é central para os esforços de transferência de anotação funcional, o que pode ser feito por meio de buscas em bancos de dados curados com grupos de genes ortólogos, como o KEGG. 

Em relação às técnicas “ômicas”, julgue o item seguinte. 

Estudos de genômica comparativa em plantas revelam que, dentro de uma espécie, enquanto os genes codificadores de proteínas são estritamente conservados, observa-se uma divergência evidente em termos de variantes estruturais nos genomas, fundamental para a determinação de características fenotípicas de interesse para a produção agrícola. 

Em relação às técnicas “ômicas”, julgue o item seguinte. 

Nas análises transcriptômicas, é recomendado o uso de tecnologias PacBio e Oxford Nanopore para sequenciar moléculas de RNA diretamente (sem conversão para cDNA) e, também, identificar transcritos completos, devido ao tamanho das leituras geradas, o que permite resolver isoformas completas e eventos de poliadenilação alternativa dos transcritos. 

Em relação às técnicas “ômicas”, julgue o item seguinte. 

As duas tecnologias principais de detecção de moléculas analisadas pela metabolômica são a ressonância nuclear magnética (RNM) e a espectrometria de massa (EM), e, nessa análise, a primeira é a mais recomendada para avaliar o processo de amadurecimento de frutos por monitoramento do fito-hormônio do que a segunda. 

Em relação às técnicas “ômicas”, julgue o item seguinte. 

Entre as técnicas de redução de complexidade de genomas para diminuir custos de descoberta e genotipagem simultânea de milhares de marcadores genéticos estão a utilização de enzimas de restrição e seleção de fragmentos por tamanho (GBS e RADseq) e o RNA-seq. 

Em relação às técnicas “ômicas”, julgue o item seguinte.

A tecnologia Oxford Nanopore (kit R9.4) é a principal escolha nos programas de melhoramento assistido para genotipar marcadores genéticos do tipo SNP e microssatélites, por ser rápido, por não requerer amplificação por PCR e, principalmente, por poder amostrar milhares de bases em algumas leituras.  

Julgue o próximo item, pertinentes ao uso das ferramentas da informática nas pesquisas científicas em biotecnologia. 

A vantagem do Linux como sistema operacional de escolha para análises bioinformáticas é a disponibilidade de diversos programas executáveis via linha de comando em um terminal de texto. Em um arquivo FASTA (seq.fas) com milhões de sequências, pode-se contar o número único de sequências com o encadeamento dos seguintes comandos de shell BASH no terminal: 'grep ">" seq.fas | sort | uniq | wc -l'. 

Julgue o próximo item, pertinentes ao uso das ferramentas da informática nas pesquisas científicas em biotecnologia. 

As diretrizes FAIR (findability, accessibility, interoperability, and reusability) foram delineadas para promover o reúso de dados científicos, como a designação de identificadores únicos e persistentes não só para os arquivos de dados, mas também para metadados, que devem descrever a procedência e natureza dos dados. 

Julgue o próximo item, pertinentes ao uso das ferramentas da informática nas pesquisas científicas em biotecnologia. 

O gerenciador de pacotes “conda” pode ser utilizado para todos os sistemas operacionais, ao passo que o bioconda, que não suporta o sistema operacional Windows nativamente, consiste em um projeto que estende os pacotes do conda com milhares de programas utilizados na bioinformática, como o NCBI BLAST. 

Julgue o próximo item, pertinentes ao uso das ferramentas da informática nas pesquisas científicas em biotecnologia. 

O projeto Bioconductor fornece um ecossistema de software livre, baseado na linguagem Python, e um grande repositório de métodos estatísticos e gráficos para análise de dados genômicos e de diversas outras técnicas “ômicas”. 

Julgue o próximo item, pertinentes ao uso das ferramentas da informática nas pesquisas científicas em biotecnologia. 

A transformada de Burrows-Wheeler foi originalmente concebida para auxiliar na compressão de dados e, na bioinformática, foi adaptada como base algorítmica central para diversos programas de montagem de genomas e metagenomas.