Na qualidade de depositária, a CETIP processa a emissão, o resgate e a custódia dos títulos, bem como, quando é o caso, o pagamento dos juros e demais eventos a eles relacionados.
As operações no mercado secundário que envolvam títulos registrados na CETIP são geralmente liquidadas com compensação bilateral de obrigações, em que a CETIP atua como contraparte central.