Para se garantir o controle da tramitação de documentos dentro do MTE, é necessário que os setores de trabalho registrem o andamento dos mesmos no sistema de protocolo - manual ou informatizado. Entretanto, isso deve ser feito apenas para os processos que exigem tal formalidade.
A entrada de um documento em um ministério, por exemplo, exige seu registro em um sistema de protocolo manual ou informatizado. Esse registro é realizado com o objetivo de se extrair informações específicas de acesso (data, número do documento, destinatário, origem, assunto etc.) do documento para seu controle.