O Conselho de Administração será integrado por seu presidente e por 8 (oito) Conselheiros efetivos e 8 (oito) suplentes, todos escolhidos dentre pessoas com reconhecida capacidade e, preferencialmente, formação superior.

Competirá ao Conselho de Administração autorizar, por maioria qualificada de 2/3 (dois terços) de seus membros, a aquisição, alienação ou oneração de bens imóveis, bem como a aceitação de doações com ou sem encargo.

O Diretor-Presidente e os demais Diretores da FUNAPE serão indicados pelo Governador do Estado, dentre as pessoas qualificadas para a função, com formação de nível superior e atuação anterior na mesma área ou em outra afim, e submetidos à apreciação do Conselho de Administração.

Será da competência do Conselho Fiscal representar aos órgãos de administração, e, se estes não tomarem as providências necessárias para a proteção dos interesses da FUNAPE, ao Ministério Público Estadual e ao Tribunal de Contas do Estado, os erros, fraudes ou crimes que descobrirem.

Será da competência do Conselho de Administração opinar previamente sobre as propostas do orçamento anual e do plano de aplicações e investimentos, bem como sobre as propostas de alterações estatutárias.

Aprovar as fiscalizações realizadas pelo Conselho Fiscal.

Aprovar as alterações do Estatuto da FUNAPE.

Aprovar as diretrizes gerais de atuação da instituição.

Aprovar o contrato de gestão.

Aprovar a nota técnica atuarial e a regulamentação dos planos de benefícios previdenciários, de custeio e de aplicações e investimentos.