As entidades mantenedoras classificam os arquivos dependendo dos aspectos sob os quais são tratados em:

Em conformidade à “Tabela de Temporalidade e Destinação de Documentos de Arquivo relativos às Atividades-Fim das Instituições Federais de Ensino Superior", o conjunto documental "Código 125.41 - Histórico Escolar" permanece junto aos arquivos setoriais devido à frequência de consulta, enquanto o aluno mantiver o vínculo com a instituição. Encerrado o vínculo, é transferido ao arquivo geral para guarda durante 5 (cinco) anos. Decorrido tal período, realiza-se o recolhimento. Ao relacionar as instruções da tabela com a classificação dos arquivos, quanto aos estágios de sua evolução, o referido conjunto documental deve ser classificado como arquivo 

Existem várias maneiras de se organizar os documentos, fundamentadas em quatro métodos básicos: alfabético, geográfico, numérico e ideográfico. No entanto, não há uma metodologia padronizada de organização em nível universal, pois o método de arquivamento dos documentos é determinado pela natureza dos documentos e pelo (a)